Uudet kiertovesiteknologiat ja ravinnekompensaatiot voivat vähentää ravinnekuormitusta ja ekologisia vaikutuksia rannikkovesiin. Kompensaatioiden on kuitenkin poistettava aidosti ravinteita rannikkovesistä. Valuma-alueella tehtävien toimenpiteiden vaikutus kohdistuu lähinnä sisäsaaristoon, joten suurimmat haasteet ovat kalankasvatuksen paikallisten vaikutusten hallinnassa. Kalankasvatuksen ravinnepäästöjen vaikutusten vähentäminen on mahdollista edistämällä vähemmän hyödynnettyjen kalakantojen käyttöä ja kokeilemalla esimerkiksi leväbiomassan kasvatusta ja poistoa kirjoittavat BlueAdapt tutkijat Harri Kuosa, Olli Malve ja Anna-Stiina Heiskanen

Kalanviljelylaitoksen fosfori- ja typpikuormituksesta voidaan vähentää 80–90% ottamalla käyttöön uusia kalankasvatuksen teknologioita, kuten kiertovesitekniikka, ja johtamalla laitoksen jätevedet kunnalliseen tai teollisuuden jätevedenpuhdistamoon. Jätevesistä aiheutuva kuormitus on siis mahdollista saada suhteellisen pieneksi, mutta kiertovesilaitokselle ei välttämättä voida myöntää lupaa, jos vastaanottavan vesialueen tila on huono.

Sijainnin ohjauksella kalanviljelyn painopistettä pyritään siirtämään ulkomerelle, jolloin paikalliset vaikutukset rannikolla ja saaristossa saattavat pienentyä. Koko merialuetta koskevaa kuormitusta tämä ei kuitenkaan ratkaise, vaikka vaikutuksia avomerilaitoksen lähialueella on vaikeampi havaita, koska päästöt sekoittuvat laajemmalle alueelle. Kasvutavoitteiden myötä kuormitus lisääntyy ja vaikeuttaa Itämeren toimintaohjelmassa sovittujen vähentämistavoitteiden saavuttamista, laitosten sijoittamispaikasta riippumatta.

Kuormituksen vaikutusten vähentämiseen voidaan pyrkiä myös niin sanottujen ravinnekompensaatioiden, kuten levä- ja simpukkabiomassan poistolla, kalabiomassan hoitokalastuksella tai maalla tehtävien päästövähennysten avulla. Näiden vaikutukset riippuvat siitä, kuinka tehokkaasti ne vähentävät kuormitusta laitoksen vaikutusalueella. Maa-alueella tehtävät kuormitusvähennykset vaikuttavat eniten rannikon läheisille vesialueille ja niiden teho vähenee vesimassojen sekoittumisen myötä ulompana rannikolta. Siksi niiden merkitys saariston kalankasvatuslaitoksen läheisyydessä voi lopulta olla pieni. Näiden keinojen vaikuttavuuden ja hyötyjen todentaminen vaatii edelleen tutkimusta ja kokeiluja.

Yhtenä ravinnekompensaation muotona on esitetty ns. Itämerirehua eli silakan käyttöä viljeltyjen kalojen ravintona. Haasteena on, että silakkasaaliin mukana ei Itämerestä poistu sen enempää ravinteita kuin mitä kalastus muutenkin nykyhetkellä poistaa. Silakan kalastuskiintiö pyritään hyödyntämään nykyisinkin täysimääräisesti eikä kalastusta voida lisätä. Lisäksi kuormituksen vaikutukset laitosten läheisyydessä pysyvät ennallaan, sillä rehun alkuperä ei vaikuta kalankasvatuksen aiheuttamiin paikallisiin ravinnepäästöihin. Silakkasaalin lisääntynyt käyttö elintarvikkeena, kuten kotimaisen kalan edistämisohjelman luonnoksessa on ehdotettu, olisi kaikin puolin suositeltavaa, mutta se ei vaikuta Itämeren ravinnetaseeseen. Myös muita vähemmän hyödynnettyjä kalalajeja kuten kuoretta ja särkikaloja voitaisiin kalastaa ja samalla poistaa ravinteita sekä käyttää hyödyksi myös itämerirehun raaka-aineena.  Uusien kalastuskohteiden laajamittainen käyttö vaatii kuitenkin kalastuksen ekosysteemivaikutusten arvion.

Simpukoiden tai rihmalevien kasvatus voi olla tehokas menetelmä paikallisen kompensaation mahdollistamiseksi. Yhdistämällä nämä menetelmät kalankasvatukseen, pyritään poistamaan ravinteita suoraan verkkokassilaitoksen läheisyydestä. Toistaiseksi simpukkaviljelmien oheisvaikutuksista muuhun eliöyhteisöön, rihmalevien kasvatuksen teknologisesta ja taloudellisista mahdollisuuksista tai biomassan jatkokäytöstä ja arvoketjuista ei kuitenkaan ole riittävästi tietoa tai kokemusta. Integroidun, monilajisen vesiviljelyn käyttöönotto ravinnekompensaation tuottamiseksi vaatii tutkimus- ja kehitysinvestointeja uusien innovaatioiden kehittämiseksi.

Jaetun tietopohjan puute hidastaa kestävän kalanviljelyn kehittämistä. Tietoa tulisi tuottaa yhteistoiminnallisin ja hallinnonalarajat ylittävin menettelyin sekä edistämällä ympäristö- ja luonnonvaratiedon jakelua ja saavutettavuutta. Lisäksi seurannan ja vaikutusten arvioinnin ohjeistusta tulisi kehittää. Esimerkiksi, kalankasvatuksen ympäristönsuojelun ohjeistuksessa tulisi antaa tarkempia suosituksia  ja ohjeita arviointimallien käytöstä.